Creada el 7 de septiembre de 1917, tiene a su cargo diversas dependencias de Corrientes, Formosa, Chaco, Santa Fe y Santiago del Estero.
El decreto del 7 de septiembre de 1917 de la jurisdicción de la División Marítima y Fluvial de la entonces Prefectura General de Puertos estableció la división de las nuevas zonas, creándose la Prefectura de Zona Paraná Superior y Paraguay, que hoy celebra su 104º años.
El acto oficial se llevó a cabo en la Plaza de Armas Manuel Florencio Mantilla de la fuerza naval, donde se encuentran la Dirección de Región Norte y la Prefectura Corrientes.
Actualmente a cargo del prefecto mayor Ricardo Oviedo su sede se halla en Corrientes y la extensión de su jurisdicción comprende el río Paraná en parte de las provincias de Corrientes y Santa Fe, el río Paraguay en las provincias del Chaco y Formosa, limítrofe con Paraguay, el río Pilcomayo, y otros ríos navegables incluyendo el río Dulce en Santiago del Estero.
Tiene a su cargo las prefecturas de Formosa, Pilcomayo, Colonia Cano (todas en la Provincia de Formosa), Barranqueras, Bermejo, Isla del Cerrito, (Provincia del Chaco); Reconquista (en la Provincia de Santa Fe), Corrientes, Goya, Itatí, Paso de la Patria, Bella Vista, Esquina (en la Provincia de Corrientes) y Termas de Río Hondo (en la Provincia de Santiago del Estero).
